大穴はいくつかの階層に分かれ、階層には複数のフロアが広がっています。フロアのどこかにある「フロアの門」を発見すれば次へ進むことができます。最深部に待つボスを倒すとその階層はクリアとなり、新たな階層に挑戦できるようになります。
探索
階層とフロア
マモノと素材
各フロアに出現するマモノを倒すと、アイテムの作成に使える素材や、生産・鑑定などに必要なルーンが入手できます。また、フロアには倒木や草、鉱石などもあり、破壊することで素材の入手が可能です。
連続で討伐するとボーナス発動
マモノを一定時間内に連続で倒すと、連続討伐ボーナスが発動します。ボーナス発動中は、普段より多くのEXPが獲得できます。
交代と帰還
フロアではときどき結晶を発見できることがあります。この結晶を調べると、ほかのキャラクターと交代が可能です。また、姫を選択すると現在の状態のまま、拠点へ帰還できます。帰還はメインメニューのオプションからでも行えますが、ランダムで一部のアイテムを失います。
交代によるエール
結晶で交代する際、元のキャラクターが交代するキャラクターへエールを送ります。エールはジョブによって内容が異なり、最大HPがアップしたり、守りが上昇したりします。また、エールは交代するたびに付与されるため、最大で7人分の効果を得ることができます。
のろしを見つけて効率アップ
フロアではのろしを発見できることがあります。のろしを一度見つけると、以降の挑戦ではのろしが設置されているフロアから再開することもできます。