世界大戦の火種がくすぶる昭和12年秋、
帝国陸軍の結城中佐によって、スパイ養成部門“Ｄ機関”が秘密裏に設立される。
機関員として選ばれたのは、超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者達。
彼らは魔術師のごとき知略を持つ結城中佐のもと、
スパイ活動に必要なありとあらゆる技術を身につけ、任地へと旅立っていく。
「死ぬな、殺すな」――
目立たぬことを旨とするスパイにとって、自決と殺人は最悪の選択肢であるとするＤ機関の思想は陸軍中枢部から猛反発を受けるが機関員達は世界中で暗躍し始める。
そんなＤ機関を査察するため、帝国陸軍より佐久間が潜入する・・・