時は19世紀末、大英帝国最盛期のロンドン――。
古くから根付く完全階級制度により、上流階級の人間達に支配されている「大英帝国」。
生まれ落ちた時から一生涯の身分が決まるこの社会制度は、
必然的に人間同士の差別を生んだ。
そんな中、階級制度による悪を取り除き、理想の国を作ろうとする青年がいた。
これはジェームズ・モリアーティ、
或いはシャーロック・ホームズの敵の話――。
第一楽章「モリアーティの誕生」
ウィリアム（鈴木勝吾）とルイス（山本一慶）の移り住んだ町ダラム。
この地に住むある労働者夫婦、バートンとミシェルは、
その地を代々治める横暴な領主のダブリン男爵（山岸拓生）に、深い怒りを抱いていた。
彼らの依頼を受け、ウィリアムは“犯罪相談役”として動き出す…。
第二楽章「ノアの方舟」
豪華客船ノアティック号の処女航海。
華々しい宴の裏で、エンダース伯爵（小南光司）による“人狩り”が行われようとしていた。
地上にいる“悪魔”を地獄に落とすため、ウィリアム一行は船に乗り込む。
アルバート（久保田秀敏）が指揮するMI6による工作が順調に進む中、
ウィリアムの前に唐突に現れた一人の男、シャーロック・ホームズ（平野良）。
宿命の2人がついに出会う…！
第三楽章「シャーロックホームズの研究」
ウィリアムはシャーロックこそが自身の仕立てる“犯罪劇”の主人公にふさわしいと、
彼を審査することに決める。
ウィリアムたちの手引きで、ある貴族殺しの“殺人事件”の犯人として
ロンドン市警に逮捕・投獄されたシャーロック。
シャーロックは背後で糸を引く“何者か”を暴くべく、
ジョン・H・ワトソン（鎌苅健太）と共に捜査に乗り出す…。