日向咲(ひゅうがさき)は元気で明るい夕凪(ゆうなぎ)中学校の2年生。新学期、かつて同じ町に住んでいた美翔舞(みしょうまい)が同じクラスに転入生としてやってきてふたりは再会します。9歳の夏祭りの夜、ふたりは丘の上の大空の樹の元で不思議な体験をしていたのです…ある日、ふたりはその木の元で、「泉の郷(いずみのさと)」からやってきたフラッピとチョッピに出会い「伝説の戦士プリキュア」に変身します!滅びの国「ダークフォール」によって乗っ取られそうになっている、“世界樹(せかいじゅ)""""と“7つの泉""""を取り戻すために、ふたりは邪悪な力に立ち向かいます!