神宮寺シリーズの世界観はそのままに、GBAならではの新システムを搭載。主人公・神宮寺三郎の行動が細分化され、少しの時間でも話を進めることができる「推理システム」に加え、今作では捜査パートナーもおなじみの助手・洋子と新キャラ・春菜から選択可能になり、その相手によってシナリオが変化していく「パートナーシステム」を搭載。推理で獲得した探偵ポイントを助手のステータスに割り振ることで、彼女たちのAIを成長させることができる。